Vedecko-pedagogické pracoviská vysokej školy sú začlenené do dvoch ústavov:
Vznik ústavov vysokej školy bol vyvolaný kvalitatívnym a kvantitatívnym rozvojom školy. Významnou kvalitatívnou zmenou bolo priznanie práva VŠEM v Bratislave začať od začiatku akademického roka 2008/2009 výučbu na magisterskom stupni štúdia v študijnom programe „verejná správa“. Zvýšil sa počet študentov a učiteľov, reštrukturalizovali sa pôvodné a vznikli nové katedry s cieľom vytvoriť tvorivé prostredie na rozvoji jednotlivých vedných disciplín a študijných programov. Uvedené skutočnosti sa zároveň stali impulzom pre vedenie vysokej školy skvalitniť systém riadenia a kontroly práce katedier prostredníctvom ústavov.
Poslanie ústavov
Ústavy sú organizačnými zložkami, ktoré sú v zmysle štatútu a organizačného poriadku celoškolskými pedagogickými a vedecko-výskumnými pracoviskami. Základným poslaním ústavov je riadiť a koordinovať činnosť príslušných katedier v pedagogickej, vedecko-výskumnej a poradenskej činnosti, cieľavedome usmerňovať ich podnikateľskú a účelovú činnosť a zabezpečovať zvyšovanie výkonnosti a kvality práce všetkých pracovníkov ústavu. Prispievajú k vytvoreniu personálnych, materiálnych a finančných predpokladov pre všetky činnosti katedier, ktoré sú základnými organizačnými jednotkami zabezpečovania pedagogickej, vedecko-výskumnej, publikačnej a ostatných činností školy. Úlohou ústavov je aktivizovať katedry k systémovo-cielenej spolupráci s pracoviskami vedecko-výskumnej základne, orgánmi štátnej správy a samosprávy, družobnými vysokými školami a podnikateľskými subjektmi doma i v zahraničí.