VŠEM už od svojho vzniku kládla dôraz na rozvoj vedecko - výskumnej činnosti. Základom pre dynamický rozvoj vedy a výskumu bolo hlboké presvedčenie všetkých pedagógov školy, že nedeliteľnou súčasťou pôsobenia špičkovej vysokej školy v Európskom vzdelávacom a vedecko – výskumnom priestore je kvalitné vzdelávanie a medzinárodne uznávaná vedecko – výskumná činnosť. Program vedecko – výskumnej činnosti VŠEM je prioritne orientovaný na základný a aplikovaný výskum a jeho prepojenie s vysokoškolským vzdelávaním, spoluprácou so spoločenskou a hospodárskou praxou doma a v zahraničí.
Výskumné zámery pracovísk vysokej školy sú realizované v kontexte s Dlhodobým zámerom vysokej školy na obdobie rokov 2014 – 2020 a následne 2021 - 2027, profilom akreditovaných študijných programov a inovačnými aktivitami zameranými na podporu vzdelanosti a rozvoj podnikania v regiónoch Slovenska.
Vedecko – výskumná činnosť je orientovaná aj na podporu tvorivej činnosti mladých vedeckých pracovníkov a ich spoluprácu so zahraničím a v rámci GROWUP Startup centra slúži študentom a absolventom VŠEM pri realizácii podnikateľských zámerov.
VŠEM orientuje svoje vedecko-výskumné aktivity na nasledovné oblasti výskumu:
- Podnikateľské prostredie v SR
- Konkurencieschopnosť malých a stredných podnikov.
- Malé a stredné podnikanie (MSP) ako faktor regionálneho rozvoja.
- Oceňovanie majetku malých a stredných podnikov a jeho dopady na finančné zdravie podnikov.
- Manažment inovácií využiteľný pre malé a stredné podniky, mestá, obce a pre rozvoj regiónov.
- Význam bezpečnostného manažmentu, bezpečnostné riziká a krízové javy v podnikateľskom prostredí SR.
- Verejná správa, štátna správa a samospráva – ich charakteristika, úlohy a efektívnosť výkonu.
- Verejné a trhové služby v SR.
- Informatizácia verejnej správy a informačné manažérske služby v podnikaní.
- Cestovný ruch a udržateľný rozvoj regiónov SR.
- Kvalitatívna a kvantitatívna analýza štátnych zásahov.