Študentom VŠEM môžu byť priznané tri druhy štipendií:
- sociálne štipendium
- motivačné štipendium
- tehotenské štipendium (od 1.4.2021)
Podmienky a spôsob poskytovania sociálnych a motivačných štipendií študentom VŠEM na prvom a druhom stupni štúdia v zmysle zákona o vysokých školách upravuje Štipendijný poriadok VŠEMvs. Zdrojom financovania štipendií (sociálnych, tehotenských a motivačných) je dotácia poskytnutá súkromnej vysokej škole zo štátneho rozpočtu prostredníctvom Ministerstva školstva, výskumu, vývoja a mládeže Slovenskej republiky v súlade s § 91 ods. 3 a 4 zákona č. 131/2002 Z.z.